财税[2012] 39号文件第四条规定了生产企业出口货物增值税退（免）税的计税依据如下：

    1．生产企业出口货物劳务（进料加工复出口货物除外）增值税退（免）税的计税依据，为出口货物劳务的实际离岸价( FOB)。实际离岸价应以出口发票上的离岸价为准，但如果出口发票不能反映实际离岸价，主管税务机关有权予以核定。

    当出口企业出口货物以CIF价成交时，可以扣除运费、保费，但需要注意的是CIF价成交时报关单上注明的海运费、保险费是暂估的，而企业当月进行免抵退税申报时均依据报关单上列明的FOB价数据进行申报。税务机关则按报关单数据进行审核，当出口企业实际发生的海运费、保险费与暂估数不一致时，有些地区税务机关不允许出口企业进行调整，完全以报关单上的数据为准，这是错误的，应要求出口企业对原出口退税申报数据按实际发生数进行调整申报。如不调整就会影响出口企业免抵退税额的计算。

    至于佣金的扣除问题，财税[2012] 39号文件中未予以明确，而实际工作中既有明佣又有暗佣，明佣是指在发票上就已经列明了佣金的价格，出口企业支付明佣情况下可以按发票上的价格（即扣除佣金后的价格）计算免抵退税额；如果出口企业支付的是暗佣，即在发票外额外支付佣金，发票金额中没有扣除佣金，所以支付暗佣情况下就按发票上的金额（即未扣除佣金）计算免抵退税额。

    2．生产企业进料加工复出口货物增值税退（免）税的计税依据，按出口货物的离岸价( FOB)扣除出口货物所含的海关保税进口料件的金额后确定。

    这里所称的海关保税进口料件，是指海关以进料加工贸易方式监管的出口企业从境外和特殊区域等进口的料件。包括出口企业从境外单位或个人购买并从海关保税仓库提取且办理海关进料加工手续的料件，以及保税区外的出口企业从保税区内的企业购进并办理海关进料加工手续的进口料件。这里需要注意的是保税区内进口料件按保税执行，出口货物到保税区按内销处理。

    3．生产企业国内购进无进项税额且不计提进项税额的免税原材料加工后出口货物的计税依据，按出口货物的离岸价( FOB)扣除出口货物所含的国内购进免税原材料的金额后确定。

    这里需要注意的是在计算免抵退税的各种报表中，没有相关的栏次体现从国内购进的免税原材料，如何计算扣减也没有具体操作办法及相关说明，造成政策规定与具体操作不相符，有些地区的企业在实际操作中暂时未对国内购进的免税原材料进行扣减，而那些涉及从国内购进免税原材料的生产企业，其产品在自营出口后，一直担心未执行政策规定存在的经营风险，因此这些企业大部分产品不采用自营出口的方式，而是通过外贸企业收购后出口。