出口企业或其他单位出口货物劳务经过免抵退税预申报、增值税纳税申报后，可进行正式退（免）税申报，但需在税务机关按规定对电子信息审核通过后方能进行免抵退税的计算。
    1．免抵退税汇总表的录入
    免抵退税企业通过退（免）税申报系统增值税申报表录入后进行免抵退税汇总表的录入。在“基础数据采集”菜单下点击“免抵退税申报汇总表录入”，进入后点击“增加”按钮后按回车所有表中数据自动生成。生成汇总表数据到软盘。虽自动生成但还是要关注几个栏次：如“与纳税申报表差额”栏目正常情况下应为0，如果有数，在本月已经申报的前提下，在次月的增值税纳税申报表上需将本月差额进行调整。
    2．打印退（免）税申报表并生成退税申报数据
    (1)通过生产企业免抵退申报系统，打印《生产企业进料加工登记申报表》（见表3 -4）、《生产企业进料加工进口料件申报明细表》(见表3-5)、《生产企业进料加工出口货物扣除保税进口料件申请表》（见表3-6）、《生产企业进料加工手册登记核销申请表》（见表3 -7）、《生产企业出口货物免、抵、退税申报明细表》（当期出口明细／前期单证收齐）（见表3-8-l、表3 -8 -2）、《免、抵、退税申报汇总表》（见表3 -9）、《免、抵、退税申报汇总表附表》（见表3 -10）、《免、抵、退税申报资料情况表》(见表3 -11)等。打印的表格中，《免、抵、退税汇总申报表》和《生产企业进料加工出口货物扣除保税进口料件申请表》由申报系统自动产生，不需要录入数据。企业如无进料加工业务则《生产企业进料加工登记申报表》、《生产企业进料加工出口货物扣除保税进口料件申请表>和《生产企业进料加工进口料件明细申报表》不需要打印。所有报表打印的项目不可增加或减少，打印的内容不可更改，打印的内容若需要修改，须回到信息录入界面进行修改后，再重新打印表格，避免申报表格内容与申报的电子数据内容不一致。
    (2)通过退（免）税申报系统，生成退税申报电子数据。若生成电子数据后，需要对数据进行修改，可以通过退（免）税申报系统中“申报数据处理”菜单下“撤销已申报数据”，输入需撤销的申报所属期，先确认撤销“申报汇总表数据”然后确认撤销“申报明细表数据”。确认后进人申报数据录入环节修改数据，明细数据修改后，原汇总表数据要删除重新生成新的汇总表。然后重新打印申报表和生成退税申报数据。
    出口生产企业的退（免）税申报工作，应由企业指定的专职办税员（或由主管国税局颁发的办税员证）办理，退（免）税申报应提供相关资料、报表及电子数据。所有报表应按规定加盖企业的相关印章方为有效。
    3．正式申报资料的装订整理
    在预审无误的基础上，企业可在“出口退税电子申报系统”中打印出各种申报报表并生成正式申报软盘，出口企业或其他单位进行正式退（免）税申报时须提供的原始凭证，应按明细申报表载明的申报顺序装订成册。
    向退税机关办理正式申报。生成的正式申报数据软盘中应包括两个文件（如2013年2月业务设置201302hz和201302mx两个文件夹：sb-tshzb. dbf退税汇总表、sb-tssb. dbf退税申报明细），不得擅自更改文件名。
    4．税务机关审核确认
    企业将申报资料、报表、软盘在规定的申报时限内向退税机关正式申报出口退税，经税务机关审核确认并领取主管退税机关已签字、注明接收日期和编号的所有报表。
    如果经税务机关审核发现的出口退（免）税疑点，出口企业或其他单位应按照主管税务机关的要求接受约谈、提供书面说明情况、报送《生产企业出口业务自查表》（见表3 -12）及电子数据。出口货物的供货企业主管税务机关按照规定需要对供货的真实性及纳
税情况进行核实的，供货企业应填报《供货企业自查表》（见表3 -13），具备条件的，应按照主管税务机关的要求同时报送电子数据。

    在“基础数据采集”菜单下点击“免、抵、退税申报汇总表录入”，进入后点击“增加”按钮后，选择所属期为“201304”，按回车键后所有表中数据自动生成。保存即可。

    点击“免、抵、退税申报”菜单下的“生成汇总申报数据”选择所属期“201304”然后单击“确定”按钮。生成免抵退汇总申报数据到软盘上(设置文件夹201304hz)。
    生成了明细申报和汇总申报电子数据后，将电子数据及下列打印的报表报送税务机关。
    打印《免、抵、退税申报汇总表》（见表3 -9）、《免、抵、退税申报汇总表附表》（见表3 -10）、《免、抵、退税申报资料情况表》（见表3-11）、《生产企业出口货物免、抵、退税申报明细表》（见表3 -8 -1、表3-8 -2）、《生产企业进料加工登记申报表》（见表3 -4）、《生产企业进料加工进口料件申报明细表》（见表3 -5）、《生产企业进料加工出口货物扣除保税进口料件申请表》(见表3 -6)、《增值税纳税申报表》（见表3-2）。